Od 2011 roku przy Muzeum działa Stowarzyszenie Przyjaciół Muzeum Historii Polski. Skupia wielu wybitnych historyków i intelektualistów wywodzących się z różnych środowisk.

Jego głównym celem jest wspieranie działań MHP i udział w debacie nad jego programem społecznym.

Stowarzyszenie pragnie być również forum obywatelskiej debaty na temat historii Polski i jej roli w życiu. Stowarzyszeniu zależy szczególnie na szerzeniu wiedzy na temat relacji pomiędzy polskim a europejskim dziedzictwem historycznym oraz wspieraniu inicjatyw przyczyniających się do pogłębienia wiedzy na temat dziejów Polski.

Od listopada 2015 r. na czele Stowarzyszenia stanął dr Mateusz Werner.

W skład Zarządu Stowarzyszenia wchodzą również: Adam Barbasiewicz i Oskar Tułodziecki.